В настоящее время в Аквариуме работают 5 залов:
Экспозиция первого зала дает возможность посетителям познакомиться с древними обитателями тропических морей бассейнов Атлантического, Индийского и Тихого океанов, живших в Кебрийский период Палеозойской эры – иглокожими, членистоногими, губками, кораллами и моллюсками. Благодаря мультимедийному оборудованию, обеспечивающему динамичное дополнение выст
авочному окружению, экспонаты «Музея гидробионтов южных морей» объединены в «живой» Океан, в единое целое. Такой эффект позволяет посетителю погрузиться в сказочный подводный мир и почувствовать себя его неотъемлемой частью.
Второй зал презентует уникальную, самую большую в мире, коллекцию обитателей Черного моря. Специалистами-дизайнерами Аквариума созданы панорамные подводные ландшафты, включающие развалины Херсонеса, остовы затонувших корветов, бригов, шаланд.
В третьем зале посетителей ждет, прежде всего, путешествие на Машине времени вглубь истории - ведь именно в этом зале, 120 лет назад, был открыт первый в истории России публичный Аквариум. Современная экспозиция этого зала представлена пресноводными обитателями пяти континентов, размещенных в специально оформленных аквариумах, передающих дух местности своих обитателей.
Четвертый зал встретит гостей необычными представителями удивительного мира рептилий – крокодилом и черепахами.
В пятом зале собраны гидробионты Мирового океана, представляющие потенциальную опасность для человека.
