兩岸關係複雜、敏感、微妙和關鍵！1987年政府開放臺灣民眾赴陸探親，開啟兩岸交流序幕，雙邊官方沒有直接面對面接觸，政府公權力無法直接處理兩岸交流所衍生的事務性問題，因此必須透過一個由政府委託指定執行公權力的民間機構擔任中介角色。1991年3月，政府及部分民間人士共同捐助成立「財團法人海峽交流基金會」（簡稱海基會），並推選辜振甫先生擔任董事長。同年12月，中國大陸也成立相似性質的機構「海峽兩岸關係協會」（簡稱海協會），由汪道涵先生擔任會長，做為與海基會互動的窗口。
海基會是目前唯一依據《臺灣地區與大陸地區人民關係條例》（簡稱兩岸關係條例）第4條而成立與運作的機構，接受政府委託與授權，直接與中國大陸就涉及公權力事項進行聯繫與協商，成為政府大陸工作體系中重要的一環。
海基會與對岸海協會於1991年展開正式接觸與協商。1993年4月兩岸兩會最高負責人辜振甫董事長與汪道涵會長，在新加坡舉行「辜汪會談」並簽署4項協議，其後兩岸政府也持續透過此一管道進行多次談判，雙方制度化協商的機制逐步確立。
2016年5月20日蔡英文總統上任，對岸要求我方接受體現「一個中國原則」的「九二共識」，我方不接受這項政治前提，對岸即片面宣布中斷兩會聯繫與交往，導致兩會協商形同停擺，但兩岸民間往來與海基會交流與服務工作仍持續進行，依據政府的委託及民眾實際的需要，與中國大陸有關機構與團體保持聯繫，為民眾提供必要的協助。
2020年新冠疫情蔓延全球，海基會文書驗證工作仍正常運作，但因陸方封城、清零等措施，兩岸間寄送文書及投遞嚴重延遲，海基會主動聯繫陸方有關機關，洽彈性處理方式，確保服務工作不中斷，讓民眾權益獲得最大保障。
2023年疫情趨緩，兩岸民眾往來恢復，海基會服務案件大幅增加。為提供兩岸民眾更好的服務，海基會分別於2024年7月、10月派員進駐行政院處理試辦通航事務金門、馬祖行政協調中心，就近服務透過小三通往來金馬的兩岸民眾，為海基會工作立下新的服務里程碑。
海基會作為政府大陸工作體系最前線，將秉持賴清德總統於2024年10月國慶演說中揭示的「四個不變」─捍衛國家主權的決心不變、維持臺海和平穩定現狀的努力不變、希望兩岸對等尊嚴及健康有序對話交流的承諾不變、世世代代守護民主自由生活方式的堅持不變，積極做好每一項服務兩岸民眾的工作，協助政府持續完善順暢有序的交流機制，把握每一個恢復兩岸對話的機會，為民眾權益福祉、兩岸和平穩定而努力。
