本院前身為聯勤第二肺病療養院。
民國42年
成立於台中縣中興嶺
民國48年
改編為陸軍第八○五總醫院
民國59年
奉令移駐遷駐花蓮縣新城鄉，擔任台灣東部國軍及軍眷綜合醫療院所 。
民國64年
7月「健全軍醫組織案」實施，編併台東陸軍八三二醫院為本院台東分院。
民國65年
分三期整建醫療大樓，於六十九年六月完成興建。
民國77年
通過醫院評鑑，升級為凖區域教學醫院。
民國80年
通過醫院評鑑，為準區域教學醫院。
民國83年
通過醫院評鑑，為區域教學醫院。
民國84年
7月「精進軍醫組織案」實施，本院改隸國防部參謀本部，番號變更為國軍八○五總醫院，由國防部軍醫局直接督導，擔負東部地區平、戰時地區醫療支援任務。
民國87年
7月國軍「精實案」第一階段實施，番變為「國軍花蓮總醫院」迄今。
民國94年
獲僱用「進用原住民績優機關(構)及廠商獎勵」績優單位獲獎表揚及「英語環境博覽」為特優單位。。
民國95年
7月成立社區醫學科並籌建新軍陣醫療大樓。
民國97年
獲頒行政院衛生署疾病管制局「2008年防疫獎勵」。
民國99年
新軍陣醫療大樓正式開工動土。
民國101年
6月通過行政院衛生署新制區域醫院評鑑優等及教學醫院合格。
民國102年
4月新軍陣醫療大樓落成啟用。
民國102年
榮獲醫療品質改善突破系列－提昇敗血症照護品質改善活動，榮獲熱心獎。
榮獲衛生褔利部防疫團體獎防疫績優單位，東部唯一獲獎醫院，也是全國唯一獲獎的軍醫院。
授頒「健康促進醫院暨服務機構」認證，是花蓮唯一授證單位。
民國103年
成立一般護理之家。
民國104年
榮獲勞動部「推動職業安全衛生優良單位」選拔，為東部唯一獲獎的醫院。
榮獲職業安全署「安慰楷模」獎牌，為全國唯一獲獎的軍醫院。
獲高齡友善健康照護機構推動授證單位。
榮獲104年行政院國民健康署「戒菸服務績優醫院」-治療服務王。
榮獲國防部104年「推動職場安全健康週執行成效績優單位」醫療及傳播類第二名。
榮獲104年度國健署無菸醫院，戒菸好理由～銀獎。
民國105年
榮獲「台灣醫療照護品質特殊獻獎」。
榮獲社團法人台灣失智症協會實地考評為優等。
榮獲105年全國職業安全衛生優良獎。
12月通過105年醫院評鑑優等（區域醫院）。
12月通過105年教學醫院評鑑合格。
