Kalkınma Kurulu danışma organı, Yönetim Kurulu karar organı, Genel Sekreterlik ise icra organıdır. Bölgedeki illerin Valileri, Belediye Başkanları, İl Genel Meclisi Başkanları ve Sanayi & Ticaret Odası Başkanları'ndan oluşan yönetim kuruluyla bölgesel olarak en üst düzeyde temsili; bölgedeki üniversite, kamu kurumu, özel sektör ve sivil toplum kuruluşları temsilcileriyle geniş bir işbirliği,
katılım ve danışma ağını; alanında yetkin ve deneyimli uzman personeliyle güçlü bir icra organını bünyesinde barındıran etkin bir yönetim yapısına sahiptir. Serhat Kalkınma Ajansı; özel sektör ve sivil toplum kuruluşları arasında koordinasyon ve işbirliğini geliştirerek kalkınmaya yön veren, yerel sorunlara yine yerel odaklı çözümler sunan, kaynakların yerinde ve etkin kullanımıyla sürdürülebilir kalkınmaya hizmet eden bir kurumdur. Temel amacımız kamu kesimi, özel sektör, sivil toplum ve üniversiteler arasındaki koordinasyon ve işbirliğini sağlayarak bölge içi gelişmişlik farklarını azaltmaktır. Bu amaç doğrultusunda bilimsel yöntemlerle ve katılımcı bir anlayışla bölgesel önceliklerimizi belirleyen TRA2 Düzey II (Ağrı, Ardahan, Iğdır, Kars) 2010-2013 Bölge Planı hazırlanmıştır. Bu bölge planı çerçevesinde proje finansman destekleri, eğitim ihtiyaçları, yatırım ve tanıtım imkanları açısından kalkınmaya yön verecek yeni bir model oluşturulmuştur.
