ตามรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พ.ศ. 2550 มาตรา 75 บัญญัติให้รัฐดูแลให้มีการปฏิบัติตามกฏหมายคุ้มครองสิทธิและเสรีภาพของบุคคล จัดระบบงานของกระบวนการยุติธรรมให้มีประสิทธิภาพและอำนวยความยุติธรรมแก่ประชาชนได้อย่างรวดเร็วและเท่าเทียมกัน ขณะเดียวกันต้องสนองตอบนโยบายของรัฐบาลด้วยคณะรัฐมนตรี ได้แถลงต่อรัฐสภาเมื่อวันที่ 26 กุมภาพันธ์ 2544 ด้านการพัฒนากระบวนการยุติธรรมและการปฏิรูปกฏหมายเรื่อง เร่งรัดการจัดโ
ครงสร้างกระทรวงยุติธรรมให้มีบทบาทและหน้าที่ครอบคลุมกระบวนการยุติธรรมทั้งระบบให้มีประสิทธิภาพ งานด้านนิติวิทยาศาสตร์มีความสำคัญอย่างยิ่งในกระบวนการยุติธรรมที่ต้องมีการนำตัวผู้กระทำผิดมาลงโทษ ซึ่งที่ผ่านมางานบริการด้านนิติวิทยาศาสตร์ยังไม่สามารถให้บริการได้อย่างทั่วถึงงานบางงานในกรุงเทพฯ ประชาชนยังได้รับการบริการไม่ทั่วถึงทุกคดี และไม่สามารถให้บริการได้อย่างรวดเร็วและมีประสิทธิภาพเท่าที่ควร ประกอบกับงานบริการด้านนิติวิทยาศาสตร์กระจัดกระจายอยู่ในหลายหน่วยงาน เช่น สำนักงานตำรวจแห่งชาติ ทบวงมหาวิทยาลัย กระทรวงสาธารณสุข สำนักนายกรัฐมนตรี กระทรวงกลาโหม โดยเฉพาะในอดีตที่ผ่านมายังไม่มีหน่วยงานใดทำหน้าที่ประสานงานโดยตรง และกำหนดมาตรฐานกลาง ที่จะทำให้เกิดความน่าเชื่อถือ ของงานด้านนิติวิทยาศาสตร์มีประสิทธิภาพเข้าสู่ความเป็นมาตรฐานสากลมากยิ่งขึ้น และเป็นประโยชน์ต่อประชาชนโดยรวม
สถาบันนิติวิทยาศาสตร์ จึงได้ถือกำเนิดขึ้นตามพระราชบัญญัติการแบ่งส่วนราชการ กระทรวงยุติธรรม เมื่อวันที่ 3 ตุลาคม 2545 โดยเริ่มปฏิบัติงานอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 2 ธันวาคม 2545
แนวคิดในการจัดตั้งสถาบันนิติวิทยาศาสตร์
1. ระบบการตรวจทางนิติวิทยาศาสตร์ เป็นระบบที่ต้องใช้บุคลากรที่มีความรู้ความสามารถเฉพาะทางโดยเฉพาะเป็นองค์ความรู้ทางวิทยาศาสตร์สถาบันหลักที่ทำงานด้านนี้ จึงควรเป็นสถาบันที่มีความเป็นอิสระเพื่อให้มีความเป็นกลางมีความโปร่งใส มีการตรวจสอบได้ ซึ่งสอดคล้องกับการปฏิรูประบบราชการ
2. การตรวจทางด้านนิติวิทยาศาสตร์ ควรมีหน่วยงานกลางเป็นหน่วยประสานเรื่องการดำเนินการ รวมทั้งงบประมาณให้กับหน่วยงานด้านต่างๆ เพื่อให้ประชาชนหรือผู้เสียหายสามารถเข้าถึงการบริการ อีกทั้งจะเป็นแรงจูงใจสำหรับการปฏิบัติงานเนื่องจากบุคลากรทางด้านนี้จะได้รับการสนับสนุนโดยตรงจากภาครัฐผ่านทางกระทรวงยุติธรรม ซึ่งมีความรู้ความเข้าใจในการปฏิบัติงานได้ดี
3. ควรมีการกำหนดมาตรฐานกลางของการดำเนินงานการตรวจทางนิติวิทยาศาสตร์ทุกสาขา และมีการควบคุมดูแลให้มีการดำเนินงานตามมาตรฐานโดยการขึ้นทะเบียนสถานประกอบการและบุคคลที่ปฏิบัติงานด้านนี้ ทั้งนี้ประชาชนจะเชื่อมั่นศรัทธาในงานด้านนิติวิทยาศาสตร์ และจะทำให้กระบวนการยุติธรรมเข้าสู่มาตรฐานสากลได้มากยิ่งขึ้น
4. การกำหนดนโยบาล การกำหนดเกณฑ์มาตรฐานกลาง การตรวจสอบรวมถึงด้านจริยธรรมของผู้ปฏิบัติงาน ควรให้มีคณะกรรมการระดับชาติ ซึ่งประกอบไปด้วยตัวแทนจากส่วนต่างๆ ของกระบวนการยุติธรรมเป็นผู้สนับสนุนแต่งตั้งแต่ในระยะเวลา 3 ถึง 5 ปี ควรผลักดันให้เป็นคณะกรรมการอิสระเพื่อให้มีประสิทธิภาพสูง
5. กำหนดให้สถาบันใหม่นี้ ประชาชนสามารถเข้าถึงได้ง่าย อีกทั้งเป็นที่พึงเวลาประชาชนมีปัญหาข้อร้องเรียน ซึ่งในปัจจุบันไม่มีหน่วยงานกลางใดๆ ยอมดำเนินการให้
6. โครงสร้างการบริการ การบริหารจัดการที่มีประสิทธิภาพ มีความถูกต้อง รวดเร็ว และมีความโปร่งใส
7. มีการปลูกฝังจริยธรรมในการปฏิบัตงาน
