Filipa de Lencastre foi criada no dia 21 de Setembro de 1928, com vista ao descongestionamento do Liceu Maria Amália Vaz de Carvalho que, no ano anterior funcionara com 838 alunas, número incomportável para o edifício em que estava instalado. Em 1934, esta secção alargou-se para a rua de S. Bernardo, nº 16, 1º e 2º andares, e para um anexo ao nº 14 desta rua. Em Janeiro de 1936, 540 alunas freque
ntavam este estabelecimento de ensino. O espaço apesar de ocupar já dois edifícios, tornava-se pequeno para tanta gente. Por ocasião de uma sessão comemorativa do 1º Dezembro, no ano de 1937, a Reitora da escola, Senhora D. Maria Margarida da Silva, convida o então Ministro da Educação, Dr. Carneiro Pacheco, a deslocar-se ao edifício da rua de S. O Ministro ficou impressionado com a pobreza e o acanhamento das instalações e, ao retirar-se, afirmou: “De hoje a um ano estarão noutro edifício.”
A promessa cumpriu-se, mas não na data prometida. Em 21 de Março de 1938, esta secção do Liceu Maria Amália Vaz de Carvalho passou a ter existência oficial no mesmo local, com a designação de Liceu Nacional D. Filipa de Lencastre. Em Fevereiro de 1931, tinha sido iniciada a construção de um edifício destinado a uma escola, no Bairo do Arco do Cego. Este edíficio vem finalmente dar cumprimento à promessa do Dr. Carneiro Pacheco. Em 10 de Novembro de 1939, o Ministro da Educação à data lavra o auto de entrega do edifício ao Liceu D. No ano lectivo de 1940/1941 funcionou, já no Bairro do Arco do Cego, com 924 alunas. Em 22 de Novembro de 1979, o Liceu passou a designar-se por Escola Secundária D. No dia 26 de Junho de 2007 foi homologada a constituição da Agrupamento de Escolas D. Filipa de Lencastre, por despacho do Sr. Director Regional de Educação, Dr. Joaquim Leitão tendo como Escola Sede a Escola Secundária com 2.º e 3.º Ciclos D. Nessa ocasião, é instituído igualmente o 2.º Ciclo do Ensino Básico. Em Junho de 2009, o Agrupamento de Escolas recebe por integração o Jardim de Infância António José de Almeida, por Despacho de S. o Secretário de Estado da Educação Dr. Valter Lemos.
