A Academia foi fundada no reinado de Dona Maria I em 24 de Dezembro de 1779 - em pleno Iluminismo - como Academia Real das Ciências. O seu primeiro presidente e grande mentor foi o Duque de Lafões e o primeiro secretário foi Domingos Vandelli, sendo procedido do Abade Correia da Serra. Na sua fundação, a Academia compreendia três classes (Ciências Naturais, Ciências Exactas e Belas-Letras). Actualmente, cada classe tem 35 sócios efectivos, 70 sócios correspondentes nacionais, e até 70 sócios correspondentes estrangeiros. Os membros são escolhidos por mérito em actividades académicas ou científicas. O meticuloso processo de eleição envolve proposta, discussão do curriculum e votação em plenário de efectivos especialmente convocado para o efeito, e em seguida submetido à Presidência para aprovação. A Classe de Ciências é constituída pelas seguintes sete secções: Matemática, Física, Química, Ciências da Terra e do Espaço, Ciências Biológicas, Ciências Médicas, e Ciências da Engenharia e Outras Ciências Aplicadas. A Classe de Letras é constituída pelas seguintes secções: Literatura e Estudos Literários, Filologia e Linguística, Filosofia, Psicologia e Ciências da Educação, História e Geografia, Direito e Ciência Política, Economia e Finanças e Sociologia e Outras Ciências Humanas e Sociais.
