Archiwum Akt Nowych (AAN) rozpoczęło swą działalność na mocy dekretu Naczelnika Państwa Józefa Piłsudskiego z 7 lutego 1919 r. Początkowo nosiło nazwę Archiwum Wojskowe. Podlegało Ministerstwu Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego i miało zabezpieczyć dokumentację po wojskowych władzach okupacyjnych niemieckich i austriackich z lat 1915-1918. Pierwsza siedziba Archiwum mieściła się przy ul.
Długiej 13, jednak już w roku 1919, gdy zasób liczył 2011 mb akt rozłożonych na półkach i 146 nierozpakowanych skrzyń z aktami - okazało się, że jest ona niewystarczająca na potrzeby instytucji. Początkowo Archiwum Wojskowym kierował Andrzej Wojtkowski, oddelegowany do pracy z Wydziału Archiwów Państwowych Ministerstwa Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego. Pod koniec roku 1919 kierownictwo Archiwum objął dr Juliusz Rencki, którego w połowie 1922 r. zastąpił na tym stanowisku dr Wincenty Łopaciński, zaś w listopadzie 1924 r. kierownikiem został dr Józef Stojanowski. Dr Józef Stojanowski wystąpił o zmianę statutu i nazwy placówki, gdyż w tym czasie istniały dwa Archiwa Wojskowe: cywilne pod jego kierownictwem i drugie gromadzące archiwalia instytucji i formacji wojskowych. Archiwum Wojskowe formalnie istniało do 30 czerwca 1930 r. 1 lipca tegoż roku dr Józef Stojanowski został powołany na dyrektora Archiwum Akt Nowych, które przejęło zarówno zasób, jak i personel Archiwum Wojskowego. W związku ze zmianą charakteru Archiwum (jego podstawowym zadaniem stało się gromadzenie i przechowywanie archiwaliów powstałych w wyniku działalności centralnych polskich urzędów i instytucji), do przekazania akt zlikwidowanych wcześniej urzędów polskich zobligowane zostało w grudniu 1930 r. Archiwum Akt Dawnych. W tym samym czasie Komisariat Rządu m. st. Warszawy przekazał swoje archiwalia do Archiwum Akt Nowych, a od września 1930 r. do połowy roku 1931 część swoich akt zaczęły przekazywać do AAN także i poszczególne archiwa państwowe w kraju. W budynku przy ul. Długiej 13 Archiwum Akt Nowych funkcjonowało do roku 1934. Jednak - ze względu na ciasnotę - już w październiku 1930 r. rozpoczęto przenoszenie archiwaliów do pomieszczeń w Forcie Sokolnickiego na Żoliborzu. W lutym 1934 r. Archiwum Akt Nowych zostało zmuszone do wynajęcia nowego lokalu w budynku po fabrycznym przy ul. Szpitalnej 8, w którym umieszczono magazyny. Zaadoptowanie budynku przy ul. Szpitalnej wymagało wielu nakładów finansowych, dlatego też w marcu 1937 r. Archiwum Akt Nowych ponownie było zmuszone przenieść się do nowego lokalu - budynków byłej Fabryki Czekolady E. Wedel przy ul. Górskiego 9. Udostępnianie akt odbywało się w pracowni naukowej zlokalizowanej w Archiwum Akt Dawnych przy ul. Długiej 24. Wybuch II wojny światowej zapoczątkował tragiczny rozdział w dziejach Archiwum Akt Nowych. Na polecenie kierownika Niemieckiego Urzędu Archiwalnego dr Ericha Randta Archiwum Akt Nowych po raz kolejny zostało zmuszone do zmiany swojej siedziby. W październiku 1939 r. Niemcy przenieśli Archiwum do lokalu przy ul. Rakowieckiej 6, wyrzucając z niego równocześnie część zbiorów biblioteki Szkoły Głównej Handlowej. Jednocześnie - w ciągu października i listopada 1939 r. - wywieziono z Archiwum Akt Nowych 96 wojskowych samochodów ciężarowych załadowanych aktami. Akta te wywieziono do Reichsarchiv w Poczdamie. Były to archiwalia władz okupacyjnych z okresu okupacji niemieckiej i austriackiej i pochodzące z lat 1914-1918. W marcu 1940 r. miał miejsce kolejny transport - w sumie 3 wagony akt zostały wywiezione do Reichsarchiv w Wiedniu. Działalność powołanych przez władze okupacyjne komisji likwidacyjnych w ministerstwach: Spraw Wewnętrznych, Sprawiedliwości, Komunikacji, Poczt i Telegrafów oraz wielu innych instytucjach działających w Polsce do 1939 r. spowodowała, że zasób Archiwum powiększył się ogromnie. Korytarze budynku Szkoły Głównej Handlowej zabudowano prowizorycznymi regałami, ale mimo to brakowało miejsca na akta, których ilość w przededniu Powstania Warszawskiego szacowano na prawie 35 km. Przez całą okupację pracownicy Archiwum Akt Nowych brali aktywny udział w działalności konspiracyjnej, mającej na celu przede wszystkim ochronę dóbr kultury: sabotowano polecenia władz niemieckich, starano się ukryć najcenniejsze akta przed wywózką, zniszczeniem. Już na początku 1941 r. dyrektor Józef Stojanowski w trosce o zasób AAN rozpoczął na szeroką skalę ewakuację najważniejszych akt do Fortu Sokolnickiego na Żoliborzu. Akcja ta nasiliła się szczególnie w pierwszej połowie 1944 r., kiedy Józef Stojanowski ogłosił w podziemnym, konspiracyjnym biuletynie apel do narodu, w którym prosił o pomoc w przewiezieniu dóbr kultury. Na apel odpowiedziały trzy firmy przewozowe z Warszawy, które nocami zaczęły przemieszczać archiwalia z Rakowieckiej do Fortu Sokolnickiego. Firmy te przewiozły 396 skrzyń i 698 pakietów akt. Ewakuacji najcenniejszych zbiorów nie zdążono dokończyć ze względu na wybuch Powstania Warszawskiego. Archiwum Akt Nowych, podobnie jak większość warszawskich archiwów, nie uniknęło tragicznego losu. 3 listopada 1944 r. oddziały niemieckie podpaliły budynek AAN przy ul Rakowieckiej i przechowywane tam zbiory spłonęły doszczętnie. Uratowano z pożogi wojennej jedynie akta wcześniej ukryte w Forcie Sokolnickiego - zaledwie 3% zasobu AAN. 1 stycznia 1947 Archiwum Akt Nowych zostało oficjalnie zlikwidowane a jego zbiory i kadrę przejęło Archiwum Główne Akt Dawnych (AGAD). Decyzją Ministra Oświaty z 6 września 1948 r., AAN ponownie reaktywowano. Działalność rozpoczęto 1 stycznia 1949 r., z chwilą zatrudnienia 3 osób w tym dr Józefa Stojanowskiego - kierownika Archiwum. Siedzibą archiwum były kazamaty w Forcie Sokolnickiego, przy ul St. Czarnieckiego 51.
7 lutego 1949 r. Archiwum Akt Nowych przejęło od Archiwum Głównego Akt Dawnych akta ocalałe z pożogi wojennej. Na pomieszczenia magazynowe przeznaczono pięć sal, a lokal biurowy znajdował się w pokoju będącym mieszkaniem służbowym woźnego AGAD. Pod koniec grudnia 1949 r. zasób AAN wynosił 2029 mb. Warunki, w jakich pracowano, były straszliwe: pomieszczenia zawilgocone, bez podłóg, z pojedynczymi niedomykającymi się oknami, pozbawione ogrzewania, którego nie można było podłączyć z braku przewodów kominowych. Dopiero w połowie roku 1949 rozpoczęto prace nad zakładaniem instalacji elektrycznej i tynkowaniem ścian w pomieszczeniach magazynowych. Bardzo wielu pracowników chorowało, wśród nich począwszy od jesieni 1949 r. dyrektor Józef Stojanowski, jego obowiązki przejęła 18 października tegoż roku dr Zofia Reyman. 1 lutego 1950 r. przeniesiono dyrektora J. Stojanowskiego w stan spoczynku, w związku z osiągnięciem wieku emerytalnego, a dr Z. Reyman polecono kierowanie Archiwum do czasu powołania nowego dyrektora. We wrześniu 1950 r. prace remontowe w Forcie Sokolnickiego zostały wstrzymane, a w Archiwum Akt Nowych rozpoczęto pakowanie zasobu liczącego 2223 mb w paczki przed przeprowadzką, która została zaplanowana na grudzień. Do końca stycznia 1951 r. trwała przeprowadzka do nowej siedziby przy ul. Długiej 7, gdzie w pałacu Raczyńskich zlokalizowano również Archiwum Główne Akt Dawnych. 7 października 1952 r. Archiwum otrzymało nowy statut, według którego AAN było archiwum centralnym, nadzorującym pracę składnic akt naczelnych organów władzy państwowej i naczelnych organów administracji państwowej, urzędów centralnych oraz zarządów głównych stowarzyszeń społecznych i kulturalnych. 1 września 1952 r. zatrudniono dr Zygmunta Kolankowskiego powierzając mu pełnienie obowiązków dyrektora (nominację na stanowisko dyrektora otrzymał na początku 1953 r.). Sprawował on swoją funkcję do roku 1955, gdy stanowisko to objęła Bronisława Skrzeszewska. Po przejściu na emeryturę dyrektor B. Skrzeszewskiej, przez przeszło rok - od 1 października 1968 r. do 1 listopada 1969 r. - obowiązki dyrektora pełniła Leokadia Gołębiowska, po niej w roku 1969 na lat dziesięć mianowano dyrektorem dr Mieczysława Motasa. W trakcie jego urzędowania doszło do kolejnej reorganizacji archiwum (w 1970 r.), lecz prawdziwie rewolucyjne zmiany nastąpiły wraz z przyjęciem kolejnego statutu w roku 1979, gdy dyrektorem Archiwum został Bogdan Kroll. Wprowadzony wówczas układ organizacyjny z niewielkimi zmianami obowiązuje do chwili obecnej. Odstąpiono od podziału zasobu na poszczególne okresy chronologiczne bądź rodzaj dokumentacji, wprowadzając podział funkcjonalny, daleko bardziej nowoczesny i pozwalający pracownikom na większą specjalizację w określonej dziedzinie archiwistyki. Magazyny archiwalne Archiwum Akt Nowych mieściły się w tym czasie w trzech miejscach w Warszawie: w Al. Niepodległości 162, przy ul. Wspólnej 2/4 oraz przy ul. Hankiewicza 1. Pomieszczenia biurowe i pracownie mieściły się pod dwoma pierwszymi adresami. W styczniu 1979 r. Archiwum przechowywało: 681 zespołów i zbiorów archiwalnych (przeszło 6,5 km akt). Akta centralnych organów władzy i administracji państwowej napływały do Archiwum w dużych ilościach w związku ze zmianami reorganizacyjnymi lub wstrząsami politycznymi i społecznymi. Szczególnie w latach 1979-1994 nastąpił wzmożony napływ dokumentów. Na mocy uchwały Rady Ministrów z 1981 r. likwidującej zjednoczenia przekazano do AAN w ciągu kilku miesięcy kilkadziesiąt dużych nieuporządkowanych zespołów. Zmiany polityczne wywołane wyborami z 1989 r. spowodowały przekazanie do AAN wielu zespołów z Centralnego Archiwum Ministerstwa Spraw Wewnętrznych, głównie z okresu dwudziestolecia międzywojennego. Na początku roku 1990 - w związku z samorozwiązaniem się PZPR - Archiwum Akt Nowych przejęło ok. 1,8 km akt z Centralnego Archiwum KC PZPR oraz z registratur wydziałów Komitetu Centralnego. Jedynie 300 mb tych akt posiadało ewidencję. W 1990 r. zlikwidowano również Główny Urząd Kontroli Prasy, Publikacji i Widowisk, do AAN przekazano 160 mb akt dokumentujących działalność cenzury w latach 1945-1990. W tym samym roku zlikwidowano Akademię Nauk Społecznych (ANS) w Warszawie, w wyniku czego do Archiwum trafiło 438 mb akt ANS i uczelni partyjnych działających przed nią. Po przejściu na emeryturę dyrektora doc. dr hab. B. Krolla w 1993 r., obowiązki dyrektora pełnił przez blisko rok Dariusz Grot, zaś jesienią 1994 r. dyrektorem AAN został dr Tadeusz Krawczak, który pełnił tę funkcję do listopada 2003 r. W listopadzie 2003 r. obowiązki dyrektora powierzono mgr Jolancie Louchin, która z dniem 1 września 2004 r. objęła stanowisko dyrektora AAN. Od 2007 roku dyrektorem został ponownie dr Tadeusz Krawczak. Jego następcą na stanowisku dyrektora został w 2020 roku Mariusz Olczak. W roku 1992 rozpoczęto przenoszenie całości zasobu Archiwum do budynku przez ponad 20 lat zajmowanego przez Bibliotekę Narodową przy ul. Proces ten, ze względu na sukcesywne opuszczanie pomieszczeń przez BN rozciągnął się w czasie, a ostateczne przekazanie budynku pod zarząd Archiwum nastąpiło dopiero w grudniu 1996 r. W drugiej połowie lat 90-tych powołano w strukturze organizacyjnej AAN kolejne działy: utworzono wtedy Archiwum Czynu Niepodległościowego i Archiwum Polonii. Działalność obu tych oddziałów skierowana jest na pozyskiwanie i opracowanie materiałów archiwalnych wytworzonych przez osoby i organizacje związane z działalnością konspiracyjną i niepodległościową lub polonijną. W latach 2004-2006 w Archiwum nastąpiły kolejne zmiany organizacyjne w wyniku, których połączono Archiwum Czynu Niepodległościowego i Archiwum Polonii w jeden oddział Archiwów Społecznych oraz utworzono dwa nowe oddziały Konserwacji Archiwaliów i Digitalizacji zasobu i zarządzania dokumentacją cyfrową. Dzięki dużemu nakładowi środków finansowych przeznaczonych na modernizację pomieszczeń i zakup sprzętu udało się stworzyć Pracownię konserwacji Masowej z instalacją służącą masowemu odkwaszaniu. Na zasób AAN składa się obecnie 2866 zespołów i zbiorów archiwalnych liczących ok. 3,5 mln ja co stanowi 36691 mb (stan na 31 grudnia 2019 r.).
