Pierwszą drewnianą kaplicę pod wezwaniem świętego Antoniego zbudowano w Łagiewnikach w roku 1676. Tę datę należy uważać za początek fundacji i nieformalnego przybycia tu Franciszkanów. Inicjatywa fundacji pochodzi od właściciela dóbr łagiewnickich Samuela Żeleskiego. Antoniemu za powstrzymanie pomoru bydła. Tradycja głosi, że cieśli Jerzemu zjawił się św. Antoni, aby ponaglić Samuela Żeleskiego z
wypełnieniem złożonej obietnicy. Wieść o zjawieniu się św. Antoniego i łaski otrzymane za jego przyczyną sprawiły, iż miejsce to zaczęto nawiedzać. W związku z tym właściciel sprowadził z Piotrkowa Trybunalskiego franciszkanów, aby opiekowali się cudownym miejscem. Zaraz potem przystąpiono do budowy drewnianego kościoła i klasztoru. Kościół poświęcono 29 sierpnia 1683 roku pod tytułami: Trójcy Świętej, Najświętszej Maryi Panny Niepokalanie Poczętej, św. Antoniego z Padwy i św. Jana Chrzciciela. 4 października 1683 r. przeniesiono z kapliczki do kościoła cudami słynący obraz. Jego oryginalny wygląd jednak nie jest obecnie znany, gdyż od czasów niepamiętnych nikt nie zdejmował pokrywającej go prawie w całości XVIII-wiecznej srebrnej sukienki. Pierwotną kaplicę przeniesiono w miejsce „nad stawem”, gdzie w odległości około 800 m od kościoła znajduje się do dziś. Dnia 16 maja 1726 roku arcybiskup gnieźnieński i prymas Królestwa Teodor Potocki konsekrował wybudowany w miejsce drewnianego murowany kościół. W latach 1733-1748 z ofiar pielgrzymów i dobrodziejów wzniesiono stojący także do dziś murowany klasztor. Drewno z dotychczasowego kościoła wykorzystano do pobudowania w okolicy kaplic: Przemienienia Pańskiego, Matki Bożej Anielskiej, świętego Walentego i świętego Rocha.
Łagiewniki stały się jednym z najbardziej znanych sanktuariów św. Antoniego na terenie Królestwa Polskiego i nie tylko. Po powstaniu styczniowym klasztor uległ kasacie (8 listopada 1864). Po I Wojnie Światowej zaraz w grudniu 1918 roku Franciszkanie powrócili do Łagiewnik. Wiele lat trwało odzyskiwanie budynku klasztornego, zajmowanego przez urząd gminy, policję, szkołę, pracowników tych instytucji i innych mieszkańców. Zabranych gruntów nie odzyskano, ale dla urządzenia ogrodu, prowadzenia gospodarstwa, a przede wszystkim dla zabezpieczenia się przed niepożądanym sąsiedztwem zakupiono w najbliższym otoczeniu kilka hektarów ziemi od właściciela dóbr łagiewnickich. Podczas II Wojny Światowej Franciszkanie musieli opuścić klasztor. W lutym 1940 Niemcy urządzili w kościele magazyn, a nieco później w klasztorze warsztaty naprawy samochodów i czołgów. W 1941 r. rozebrano trzy drewniane kaplice: św. Walentego, Matki Bożej Anielskiej i domek bł. ojca Rafała, a w 1943 r. także kaplicę Przemienienia Pańskiego. Wraz z końcem wojny powrócili także Franciszkanie.
Łagiewnickie sanktuarium, oprócz św. Antoniego, ma drugiego patrona. Jest nim bł. Rafał Chyliński (1694-1741), który spędził tu najbardziej dojrzałe i owocne lata swego życia (1728-1736 i 1738-1741). Trwał na modlitwie i umartwieniu, zasłynął jako niezwykły spowiednik i człowiek miłosierdzia. Pochowany w podziemiach kościoła, przez ponad dwa stulecia nieprzerwanie odbierał cześć. Beatyfikował go Jan Paweł II 9 czerwca 1991 r. w Warszawie. Błogosławionemu urządzono kaplicę od strony północno-wschodniej i przeniesiono do niej relikwie. Aż po dzień dzisiejszy dzieją się liczne cuda za wstawiennictwem bł. Rafała.
