Proteger una muestra representativa de la ecorregión de bosques húmedos de Napo y Centro endémico de Napo, identificada como una de las áreas más importantes para la conservación La cuenca del río Pucacuro registra una larga historia de extracción de recursos naturales valiosos, siendo ocupada por diversos grupos indígenas desde tiempos pre colombinos, según relatan las crónicas de los misioneros
católicos que arriban a la zona en el siglo XVII. Durante los siglos siguientes estas poblaciones fueron diezmadas por enfermedades, migrando hacia la zona media del río Tigre para establecerse en asentamientos humanos hacia finales del siglo XIX e inicios del siglo XX. La extracción de recursos naturales comenzó a afectar la dinámica económica y social de la zona, sucediendo entonces la extracción de especies maderables y valiosas como el palo rosa, caucho; desarrollándose adicionalmente la caceria para la obtención de pieles y alevinos de peces ornamentales. Durante este periodo, las escasas poblaciones que ocupaban la cuenca del río Pucacuro se desplazaron aguas abajo, hacia la cuenca del río Tigre, en donde finalmente se constituye la Comunidad Nativa 28 de Julio. En el año 1993, mediante decisión consensuada de las comunidades locales adyacentes a la actual Reserva, nace la propuesta de creación de la Reserva Comunal del Pucacuro. El primer expediente del proceso de establecimiento del área protegida fue presentado al INRENA en 1995, el cual fue observado por falta de soporte técnico que permitiera la categorización del área. Alton Jones inició el proyecto de investigación “Conservación y manejo de la biodiversidad de la cuenca del Pucacuro”, que permitió elaborar el expediente técnico para la protección de la cuenca. Esta experiencia contó con la participación de la Federación de las Comunidades Nativas del Alto Tigre (FECONAT), culminando en el año 2001. Como primer resultado de este proceso, se estableció la Zona Reservada Pucacuro mediante Resolución Ministerial N° 0411-2005-AG, en abril del 2005, siendo modificada según Resolución Ministerial N° 0690-2005-AG en agosto del mismo año, sobre una superficie de 637,918.80 Ha. El establecimiento de la Zona Reservada Pucacuro tuvo por objetivo de creación, proteger una muestra representativa de la Eco región de Bosques Húmedos de Napo y del Centro Endémico de Napo, identificada como una de las áreas más importantes para la conservación de la biodiversidad a nivel mundial por su excepcional riqueza de especies y endemismo. Además, la norma estipuló la conformación de una Comisión Técnica encargada de formular la propuesta de ordenamiento territorial para la categorización definitiva de la Zona Reservada Pucacuro, la cual se constituyó en julio del 2005, pero sin lograr su objetivo. En abril del 2008, se reinstala la comisión de categorización de la Zona Reservada Pucacuro, reiniciando el proceso. Durante los talleres de categorización se evaluó y determinó el cambio categoría, pasando de una propuesta de Reserva Comunal a Reserva Nacional, analizando las categorías, beneficios para la población local y la viabilidad a futuro de su gestión. El proceso de evaluación de la categoría incluyó jornadas de capacitación para la población de las comunidades de la cuenmca media del rio Tigre acerca del Sistema Nacional de Áreas Natuarles Protegidas por el Estado - SINANPE y las diferentes categorías de Áreas Naturales Protegidas - ANP, el uso y estado de conservación de los recursos naturales, el análisis de los derechos adquiridos sobre la Zona Reservada Pucacuro, importancia de las Reservas Nacionales y Reservas Comunales; así como el Régimen Especial para la administración de las Reservas Comunales y procedimientos administrativos para el manejo de recursos naturales en una Reserva Nacional. Por decisión consensuada de la Comisión de Categorización, el expediente técnico propuso al SERNANP la categorización de la Reserva Nacional Pucacuro, el mismo que fue presentado al Ministerio del Ambiente, siendo categorizado en octubre de 2010, mediante Decreto Supremo N° 015 – 2010 –MINAM, como Reserva Nacional con una extensión de 637,953.83 Ha.