Untuk menguatkuasakan semua undang-undang bertulis yang berkaitan di pintu masuk, stesen kuarantin dan premis kuarantin, untuk memastikan bahawa tumbuhan, binatang, karkas, ikan, keluaran pertanian, tanih, mikroorganisma dan makanan yang diimport ke dalam dan dieksport ke luar Malaysia mematuhi aspek kesihatan manusia, binatang, tumbuhan, ikan dan keselamatan makanan;
2. Untuk mengeluarkan permit, lesen dan perakuan bagi maksud import dan eksport tumbuhan, binatang, karkas, ikan, keluaran pertanian, tanih dan mikroorganisma;
3. Untuk memastikan bahawa semua tumbuhan, binatang, karkas, ikan, keluaran pertanian, tanih, mikrooganisma dan makanan yang diimport ke dalam dan dieksport ke luar Malaysia digredkan, dibungkuskan dan dilabelkan mengikut undang-undang bertulis yang berkaitan;
4. Untuk menyertai pemeriksaan dan pemerakuan premis negara pengeksport bersama-sama dengan agensi dan jabatan yang berkaitan, jika perlu;
6. Untuk menyertai agensi dan jabatan yang berkaitan di peringkat antarabangsa dalam perkara yang berhubungan dengan kuarantin dan import dan eksport tumbuhan, binatang, karkas, ikan, keluaran pertanian, tanih, mikroorganisma dan makanan, jika perlu;
7. Untuk memberikan maklum balas dan syor kepada agensi atau jabatan yang berkaitan tentang apa-apa perkara yang berhubungan dengan import dan eksport tumbuhan, binatang, karkas, ikan, keluaran pertanian, tanih, mikroorganisma dan makanan;
8. Untuk memudahkan dan mengadakan khidmat nasihat tentang pematuhan syarat-syarat import dan eksport bagi tumbuhan, binatang, karkas, ikan, keluaran pertanian, tanih, mikroorganisma dan makanan kepada pengimport, pengeksport dan ejen yang terlibat dalam import dan eksport tumbuhan, binatang, karkas, ikan, keluaran pertanian, tanih, mikrooganisma dan makanan; dan
9. Untuk melakukan apa-apa benda lain sebagaimana yang perlu bagi pelaksanaan Akta MAQIS 2010. (Fungsi-fungsi di atas, hendaklah dijalankan mengikut dasar, arahan dan kehendak sebagaimana yang ditentukan oleh agensi dan jabatan yang berkaitan).
