Fundado en 1949 por intelectuales mexicanos y españoles exiliados, como un espacio de acogida para la promoción de sus manifestaciones culturales, y proporcionar un lugar de convivencia, discusión y aprendizaje, que hoy difunde y preserva su legado. Tras una serie de deliberaciones se decide, a fines de 1948, la fundación de la institución y, el 4 de enero de 1949, el Ateneo se instala en su primer domicilio en la calle de Morelos número 26 en la ciudad de México. Ocupa un local en el último piso de un viejo caserón, con altos techos y estrechos pasillos, pero cuenta con espacio suficiente para instalar su biblioteca y salas de lectura, y un saloncito que permite la realización de diversos actos. Rafael de la Mora y Trueba como residencia familiar. En el año 2002 la propiedad fue adquirida por la Universidad Nacional de Educación a Distancia de España (UNED). Al edificio se le han hecho obras de restauración entre los años 2008 y 2009 por parte de la UNED y con la ayuda de la Agencia Española de Cooperación internacional para el desarrollo (AECID) del Ministerio de asuntos exteriores y de cooperación de España, siendo tras su acondicionamiento sede del centro de la UNED de México, la Consejería de Educación de la Embajada de España en México y el Ateneo Español de México.
