Fu costituito nel 1758, per volontà del Duca Francesco III d'Este, il quale dispose che una parte del Giardino Ducale fosse destinata alla "dimostrazione" delle piante medicinali. Nel 1772, con la Riforma Universitaria voluta da Francesco III, l’Orto Botanico entrò sotto la giurisdizione dell’Università. Ha un'estensione di circa 1 ettaro e dispone di 300 metri quadri di superficie coperta per il
ricovero e l'ostensione delle piante. I principali settori espositivi sono:
1) le Serre Ducali ottocentesche, con la loro classica architettura “ad aranciera”: furono concepite, secondo i principi del collezionismo dell’epoca, per ospitare un numero elevato di piante in vaso durante i mesi invernali;
2) la Serra delle Piante Succulente, costruita verso la metà degli anni ’80: è una serra polifunzionale la cui parte principale è dedicata alla coltivazione delle piante succulente;
3) la “Serretta” a clima caldo/umido, inaugurata nel 1994, che permette la coltivazione di piante carnivore, orchidacee, felci, ecc.;
4) l’antico Parterre – Scuola, oggi più comunemente denominato “Sistema”: è costituito da una serie di aiuole che si sviluppano radialmente intorno ad una vasca centrale (Idrofitorio);
5) l’Arboreto, in cui trovano spazio circa 700 esemplari arborei e arbustivi, alcuni dei quali ultracentenari, appartenenti ad oltre 200 specie, autoctone ed esotiche. Le piante coltivate presso l’Orto – sia erbacee che legnose – nell’insieme forniscono un’esauriente rappresentazione della biodiversità del regno vegetale. In relazione alle diverse esigenze fisio-ecologiche ed alla variabile capacità di adattamento alle condizioni ambientali, una parte di queste piante è allevata in vaso, ed è ricoverata nella stagione avversa in ambienti idonei, anche riscaldati, mentre le rimanenti sono piantate a dimora, all’aperto o all’interno di locali protetti, dove contribuiscono anche alla realizzazione di ambientazioni esemplificative di habitat particolarmente significativi. Le principali attività che si svolgono all’interno dell’Orto Botanico di Modena sono intimamente legate all’espletamento della didattica e ricerca universitaria focalizzata sulle discipline botaniche. Alla luce delle esigenze di conservare, classificare, valutare, promuovere l’utilizzo sostenibile del nostro patrimonio fitogenetico, l’Orto Botanico è impegnato in programmi di conservazione in situ/ex situ (in natura e in coltivazione) di specie e/o popolazioni in pericolo di estinzione. Inoltre, l’Orto Botanico è anche sede e organo promotore di numerose attività di carattere didattico, divulgativo e promozionale su tematiche in vario modo legate alla botanica ed alle piante, rivolte sia alle scuole che ad un pubblico eterogeneo di appassionati o semplici curiosi, con lo scopo di rafforzare nei giovani e non la consapevolezza che le piante, e l’ambiente in generale, sono patrimonio di tutti e valore irrinunciabile per il futuro.