L'attuale Dipartimento di Musicologia e Beni Culturali è l'esito di una storia iniziata nel 1952 con l'istituzione a Cremona della Scuola di Paleografia Musicale all'interno dell'Università degli Studi di Parma, formalizzando un corso di Paleografia musicale già iniziato nel 1950. La sede era Palazzo Affaitati e il primo direttore fu il prof. La Scuola rilasciava il Diploma biennale di Paleografia
musicale. Nel 1970 assunse la denominazione di Scuola di Paleografia e Filologia Musicale, che mantenne quando passò all'Università degli Studi di Pavia con Decreto del Presidente della Repubblica del 30 ottobre 1971. Nel 1972 avvenne il trasferimento a palazzo Raimondi-Bellomi, donato da Walter Stauffer al Comune di Cremona, e fu approvata la collocazione presso la nuova sede della sezione musicologica "Gaetano Cesari" della Biblioteca Statale di Cremona. Nello stesso anno divenne direttore della Scuola il prof. A partire dall'a.a. 1974-75 l'offerta didattica si articolò in due diplomi biennali: il Diploma di Paleografia e Filologia musicale e il Diploma di Storia e Didattica della Musica. Nell'a.a. 1979-80 si aggiunse la Laurea quadriennale in Musicologia. Nell'a.a. 1987-88 venne attivato il Dottorato di ricerca in Filologia musicale (III ciclo), corso triennale, che mutò in seguito denominazione due volte (dal ciclo XVI, iniziato nel 2000-01, Dottorato di ricerca in Musicologia e Scienze filologiche; dal XXIII ciclo, iniziato nel 2007-08, Dottorato di ricerca in Musicologia). Nel 1989 divenne direttore della Scuola il prof. A partire dall'a.a. 2001-02 la Scuola di Paleografia e Filologia Musicale divenne Facoltà di Musicologia, in seguito a una modifica dello Statuto dell'Università di Pavia. Inoltre l'Istituto di Paleografia Musicale, esistente dal passaggio all'Università di Pavia, fu sostituito dal Dipartimento di Scienze musicologiche e paleografico-filologiche. In attuazione del D.M. n. 509 del 3 novembre 1999, il nuovo ordinamento didattico offrì a partire dall'a.a. 2001-02 i seguenti corsi: Laurea triennale in Musicologia, Laurea specialistica biennale in Musicologia, Laurea triennale in Scienze letterarie e Laurea specialistica biennale in Filologia moderna (attivata dall'a.a. 2003-04). Nell'a.a. 2001-02 fu attivato anche un Master interdisciplinare avanzato di Filologia dei testi musicali e dei testi letterari medioevali e moderni, un'attività didattica conclusasi con l'a.a. 2004-05. In attuazione del nuovo regolamento in materia di autonomia didattica degli atenei stabilito dal D.M. n. 270 del 22 ottobre 2004 vi è stata un'ulteriore modificazione dell'offerta didattica, che dal 2009-10 contempla: Corso di laurea triennale in Musicologia, Corso di laurea magistrale in Musicologia, Corso di laurea triennale interclasse in Lettere e Beni culturali. A partire dall'anno accademico 1999-2000 la Scuola, poi Facoltà, ha ospitato i corsi abilitanti per gli insegnanti di scuola secondaria, ossia l'indirizzo di "Musica e spettacolo" inserito nella "Scuola Interuniversitaria Lombarda di Specializzazione per l'Insegnamento Secondario" (SILSIS), ora non più funzionante in seguito alle modifiche ministeriali circa il percorso formativo degli insegnanti. Dal 2001 il Dipartimento pubblica la rivista elettronica Philomusica on-line; da decenni, inoltre, cura quattro collane di studi musicologici e l'edizione critica degli opera omnia di Marc'Antonio Ingegneri; promuove, poi, pubblicazioni fuori collana. Nel 1989 sono stati fondati il Coro e l'Orchestra da Camera della Scuola di Paleografia e Filologia Musicale, compagine che è rimasta attiva, sotto la direzione del M.° H. Raúl Domínguez, fino al 1995. Nel 1999 il Coro ha ripreso la sua attività, ufficializzato nel 2002 come Coro della Facoltè di Musicologia; a partire da quella data il coro è rimasto costantemente attivo, cambiando nuovamente la denominazione in Coro del Dipartimento di Musicologia e Beni Culturali
La Scuola, poi Facoltà, ha conferito alcune lauree honoris causa a personalità della musicologia e della musica; nel 1982 al musicologo Willi Apel, nel 1986 al musicologo Warren Kirkendale, nel 1996 al direttore d'orchestra Riccardo Muti e nel 2006 al direttore d'orchestra John Eliot Gardiner. In applicazione della Legge n. 240 del 30 dicembre 2010 e della conseguente modifica dello Statuto dell'Università di Pavia, la Facoltà di Musicologia e il Dipartimento di Scienze musicologiche e paleografico-filologiche hanno dato vita nel 2012 a un'unica istituzione denominata Dipartimento di Musicologia e Beni Culturali, che svolge funzioni sia didattiche sia di ricerca scientifica.
