בתי הדין הצבאיים פועלים כיחידה בצה"ל ובבד בבד הם חלק מן הרשות השופטת במדינת ישראל. לבתי הדין הצבאיים, העוסקים בשפיטת חיילים בעבירות פליליות, מומחיות בכל הנוגע לטיבו ולאופיו המיוחד של השירות הצבאי ולנורמות ההתנהגות המיוחדות, אשר נדרשות מן המשרתים בו. מערכת השפיטה הצבאית היא מערכת מקצועית ובלתי תלויה, שעל שופטיה, כקבוע בחוק השיפוט הצבאי, אין מרות זולת מרותו של הדין והם אינם כפופים, בהיבט השיפוטי, למ
רות מפקדיהם.
בתי הדין הצבאיים מוסמכים, מכוחו של חוק השיפוט הצבאי, התשט"ו-1955, לדון בפלילים, חיילים וקבוצות אוכלוסייה נוספות שהן בעלות זיקה לצבא (כגון העובדים בשירות הצבא או בשליחותו), בגין עבירות צבאיות (כגון היעדר מן השירות הצבאי, הוצאת נשק צבאי, אי שמירתו של רכוש צבאי ועוד) ועבירות פליליות אחרות (לדוגמה עבירות מין, עבירות על טוהרת המידות, עבירות המתה, עבירות אלימות, עבירות סמים ועוד...) בעניינים, שככלל קיימת זיקה בינהם לבין השירות הצבאי.
לבתי הדין הצבאיים תפקיד מרכזי בהטמעת שלטון החוק בצה"ל ובאכיפתו. הם מהווים גורם מרכזי בהבטחת פעילותם החוקית והמוסרית של חיילי צה"ל ומפקדיו. פסיקת בתי הדין הצבאיים היא מורת דרך חוקית, ערכית ומוסרית לחיילי צה"ל ולמפקדיו, ומבטאת את ערכי צה"ל ונורמות ההתנהגות המצופות מחייליו.
בראש יחידת בתי הדין הצבאיים עומד נשיא בית הדין הצבאי לערעורים, שהוא שופט בדרגת אלוף. הנשיא והשופטים האחרים מתמנים לכהונתם בידי נשיא המדינה, לאחר שנבחרו על ידי הוועדה לבחירת שופטים צבאיים משפטאים, שבראשה עומד שר הביטחון וחבריה: שרת המשפטים, נשיאת בית המשפט העליון, המשנה לנשיאת בית המשפט העליון, הרמטכ"ל, ראש אכ"א, נשיא בית הדין הצבאי לערעורים, שופט של בית הדין הצבאי לערעורים ונציג לשכת עורכי הדין.
שופטי המדינה מכהנים, במסגרת שירות המילואים, כשופטים בבתי הדין הצבאיים.
על פי חוק השיפוט הצבאי, מכהנים בבית הדין, בחלק מן המשפטים, לצד השופטים המשפטאים, קציני צבא. אלה מביאים עימם ניסיון צבאי בתחומים שונים והם מכירים את החיים ביחידות הצבא מקרוב. השתתפותם בהליך השפיטה היא בעלת תרומה חינוכית חשובה לקביעת נורמות ההתנהגות הנדרשות בצבא.
בבתי הדין הצבאיים שתי ערכאות: בית הדין הצבאי לערעורים ובתי דין מחוזיים של ערכאה ראשונה: בית הדין של פיקוד המרכז וחיל האוויר ובית הדין של המטה הכללי ופיקוד העורף, שניהם ביפו; בית הדין של פיקוד הדרום וזרוע היבשה, אשר בקסטינה; בית הדין צפון וחיל הים, אשר בחיפה; ובית הדין המיוחד שמושבו בתל אביב. בתי הדין המחוזיים דנים נאשמים, אשר נמנים עם יחידות צבאיות ממחוז השיפוט הרלוונטי, שדרגתם טוראי עד רב סרן, בכל עבירה, למעט עבירה שדינה מוות. קצינים בדרגת סגן אלוף ומעלה, ומי שהואשם בעבירה שדינה מוות, ייתנו את הדין בפני בית הדין המיוחד. לצד כל בית דין מחוזי, פועל בית דין לענייני תעבורה.
על פסקי הדין של בתי הדין המחוזיים, בית הדין המיוחד ובתי הדין לתעבורה ניתן לערער לבית הדין הצבאי לערעורים. על פסקי הדין של בית הדין הצבאי לערעורים ניתן לערער ברשות לבית המשפט העליון, אך ורק בשאלה משפטית שיש בה "חשיבות, קשיות או חידוש" (כלשון סעיף 440ט לחוק השיפוט הצבאי).
בתי הדין הצבאיים מתנהלים בהתאם לעקרונות השפיטה המקובלים. בכלל זה, הדיון בפני בתי הדין הצבאיים מתקיים, למעט במקרים חריגים שנקבעו בחוק, בפומבי.
בבתי הדין הצבאיים מתנהלים המשפטים תוך הקפדה על זכויותיהם המהותיות והדיוניות של הנאשמים. הנאשמים מיוצגים, ככלל, על ידי סנגורים מן הסנגוריה הצבאית או על ידי עורכי דין שהנאשמים שכרו לייצגם. המשפטים בבתי הדין הצבאיים מתנהלים ביעילות המתחייבת לשמירת ערכי החוק והמשמעת בצבא.
שופטי בתי הדין הצבאיים מכהנים, על-פי דין, גם בוועדות שונות, ובהן הוועדה לעיון בעונש, הוועדה להעברת כלואים, הוועדה להורדה בדרגה וועדת ערעור לפי חוק שירות הקבע בצה"ל (גמלאות) [נוסח משולב], התשמ"ה-1985.
פסקי הדין הצבאיים משקפים את פני החברה הישראלית, והיבטים חברתיים שונים הנוגעים לתפקידו של צה"ל, צבא העם, בצמצום פערים חברתיים בחברה הישראלית - מוצאים את ביטויים אף בפעילותה של מערכת המשפט הצבאית.
דוגמה מובהקת לכך היא בית הדין הצבאי המשלב, שהחל לפעול בראשית שנת 2018 .בית דין זה, הפועל ברוח מודל "בתי המשפט הקהילתיים" שהולכים ומתרחבים ברחבי העולם ואף במערכת המשפט הכללית במדינת ישראל, נותן ביטוי לתפיסה שיקומית רחבה הרואה בהליך השיפוטי כלי לתיקון חברתי ולמתן הזדמנות שנייה. הניסיון הקצר המצטבר מצביע על כך שטיפול פרטני בנאשם במסגרת הצבאית בשיתוף גורמי רווחה וקהילה, מתוך ראייה רחבה של צורכי המשפחה, המערכת והחברה, מניב הצלחה.
בשנים האחרונות יצא לדרך מיזם "נווה צדק", שבמסגרתו נבנית קריית משפט צבאית במחנה בית ליד. כל בתי הדין המחוזיים צפויים להתכנס תחת קורת גג אחת במבנה חדש ומכובד, שיהלום את מעמדם וישרת את תכליתם - לעשות משפט צדק במסגרת הצבאית.
