Kantor Kementerian Agama Kota Batam resmi didirikan pada tahun 1987, melalui KMA No. 137 Tahun 1987 Tentang Pembentukan Kantor Departemen Agama Kota Administratif Batam, yang pada saat berdirinya berdomisili di Kelurahan Sekupang Kecamatan Batam Barat Kotamadya Administratif Batam. Setelah terjadi pemekaran Kota Batam, domisili Kantor Kementerian Agama Kota Batam berada di wilayah Kelurahan Sei. Status Kantor Kementerian Agama Kota Batam juga berubah melalui KMA 373 Tahun 2002 dengan Tipologi II-I. Sejarah pembentukan Kementerian Agama Kota Batam, tidak terlepas dari latar belakang sejarah pemekaran wilayah Provinsi Riau menjadi Provinsi Kepulauan Riau. Sejak tahun 1987, Kantor Depag Kotamadya Batam (sebelum tahun 2010), masih menginduk kepada Kanwil Kemenag Provinsi Riau di Pekanbaru. Namun sejak tahun 2006 terjadi pemekaran wilayah Provinsi Kepulauan Riau, maka Kemenag Kota Batam menjadi salah satu unit kerja dari Kanwil Kemenag Provinsi Kepri. Kepala Kantor Kementerian Agama Kota Batam telah mengalami 3 kali masa kepemimpinan :
1. Fauzi Mahbub.MM periode 1988 s.d 1998
2. Razak.Z.MM periode 1998 s.d 2003
3. Khudri Syam periode 2004 s.d 2009
4. Zulkifli Aka, M.Si periode 2010 s.d sekarang
Kantor Kementerian Agama Kota Batam pertama kali beralamat di Jl. Sutami, Sei Harapan Sekupang. Namun karena seiring tuntutan kebutuhan akan pelayan masyarakat maka pada Tahun 2005 Kementerian Agama Kota Batam telah membangun kantor baru di atas lahan 3000 M2 yang merupakan hibah dari Yayasan Iskandar Muda Kota Batam dan pada tahun 2008 Kantor Kementerian Agama Kota Batam telah rampung dengan kontruksi dua lantai seluas 1.200 M2. Kantor Kementerian Agama Kota Batam berlokasi sekarang berlokasi di Jl. Masjid Baiturrahman No.1 Sekupang – Batam, setelah sebelumnya menempati Kantor lama di Jl Ir Sutami, Sekupang.
