Kepala BIN diberikan hak keuangan, administrasi dan fasilitas lainnya setingkat dengan Menteri. Daftar Kepala BIN adalah sebagai berikut:
Nama Awal masa jabatan Akhir masa jabatan Keterangan
Zulkifli Lubis 1946
Soebandrio 1959 1965
Soeharto 1965 1967
Mayor Jenderal Soedirgo 22 Mei 1967 21 November 1968
Sutopo Juwono 21 November 1968 Januari 1974
Yoga Soegomo Januari 1974 2
Juni 1989
Mayor Jenderal Sudibyo 2 Juni 1989 April 1996
Moetojib April 1996 21 Mei 1998
Z.A. Maulani 21 Mei 1998 1999
Arie J. Kumaat 1999 2001
A.M. Hendropriyono 9 Agustus 2001 8 Desember 2004
Syamsir Siregar 8 Desember 2004 22 Oktober 2009
Sutanto 22 Oktober 2009 19 Oktober 2011
Marciano Norman 19 Oktober 2011 Sedang menjabat
Wakil Kepala
Wakil Kepala BIN mempunyai tugas membantu Kepala BIN dalam memimpin pelaksanaan tugas BIN. Sekretariat Utama
Sekretariat Utama mempunyai tugas melaksanakan koordinasi pelaksanaan tugas, pembinaan dan pemberian dukungan administrasi kepada seluruh unit organisasi di lingkungan BIN. Deputi Bidang Luar Negeri
Deputi Bidang Luar Negeri (Deputi I) mempunyai tugas melaksanakan perumusan kebijakan dan pelaksanaan kegiatan dan/atau operasi intelijen bidang luar negeri. Deputi Bidang Dalam Negeri
Deputi Bidang Dalam Negeri (Deputi II) mempunyai tugas melaksanakan perumusan kebijakan dan pelaksanaan kegiatan dan/atau operasi intelijen bidang dalam negeri. Deputi Bidang Kontra Intelijen
Deputi Bidang Kontra Intelijen (Deputi III) mempunyai tugas melaksanakan perumusan kebijakan dan pelaksanaan kegiatan dan/atau operasi kontra intelijen. Deputi Bidang Ekonomi
Deputi Bidang Ekonomi (Deputi IV) mempunyai tugas melaksanakan perumusan kebijakan dan pelaksanaan kegiatan dan/atau operasi intelijen bidang ekonomi. Deputi Bidang Teknologi
Deputi Bidang Teknologi (Deputi V) mempunyai tugas melaksanakan perumusan kebijakan dan pelaksanaan kegiatan dan/atau operasi intelijen bidang teknologi. Deputi Bidang Pengolahan dan Produksi
Deputi Bidang Pengolahan dan Produksi (Deputi VI) mempunyai tugas melaksanakan perumusan dan pelaksanaan kebijakan bidang pengolahan dan produksi intelijen. Inspektorat Utama
Inspektorat Utama mempunyai tugas melaksanakan pengawasan intern di lingkungan BIN. Staf ahli
Staf Ahli mempunyai tugas memberikan telaahan kepada Kepala BIN mengenai masalah tertentu sesuai bidang keahliannya.
