Mengingat peran, fungsi dan kontribusi BUMN terhadap keuangan negara sangat signifikan, maka sejak tahun 1998, pemerintah Republik Indonesia mengubah bentuk organisasi pembina dan pengelola BUMN menjadi setingkat Kementerian. Awal dari perubahan bentuk organisasi tersebut terjadi di masa pemerintahan Kabinet Pembangunan VII, dengan nama Kementerian Negara Pendayagunaan BUMN/Kepala Badan Pembinaan BUMN. Menteri pertama yang bertanggung jawab atas pendayagunaan BUMN tersebut adalah Bapak Tanri Abeng. Pada masa ini sempat digagas tentang BUMN Incorporated, sebuah bangun organisasi BUMN berbentuk super holding. Pada tahun 2000 sampai dengan tahun 2001, struktur organisasi Kementerian ini sempat dihapuskan dan dikembalikan lagi menjadi setingkat eselon I di lingkungan Departemen Keuangan. Dirjen Pembinaan BUMN waktu itu dijabat oleh Bapak I Nyoman Tjager. Namun, di tahun 2001, ketika terjadi suksesi pucuk kepemimpinan Republik Indonesia, organisasi pembina BUMN tersebut dikembalikan lagi fungsinya menjadi setingkat Kementerian sampai dengan periode Kabinet Indonesia Bersatu. Menteri yang menanggani BUMN digabungkan dengan penanaman modal, sehingga disebut Menteri Negara Penanaman Modal dan Pembinaan BUMN yang dipercayakan kepada Bapak Laksamana Sukardi. Beliau kemudian digantikan oleh Bapak Rozy Munir. Selanjutnya, ketika kembali terjadi pergantian Presiden RI, di bawah kabinet yang disebut Kabinet Gotong Royong, Bapak Laksamana Sukardi kembali menjadi Menteri BUMN. Kala itu, kembali dipisahkan antara pembinaan BUMN dengan penanaman modal. Bapak Laksamana Sukardi menjadi Menteri BUMN dari tahun 2001 hingga 2004. Kemudian, ketika Bapak SBY terpilih jadi Presiden di tahun 2004, terjadi pergantian Menteri yang menanggani BUMN ini. Dalam masa Kabinet Indonesia Bersatu Jilid I, Bapak Sugiharto dipercaya menjadi Menteri Negara BUMN (2004-2006), yang kemudian digantikan Bapak Sofyan A. Djalil (2006-2009) dan Bapak Mustafa Abubakar (2009-2011). Selanjutnya Bapak Dahlan Iskan menjadi Menteri Negara BUMN dalam Kabinet Indonesia Bersatu II (2011-2014). Pada era Kabinet Kerja Presiden Joko Widodo menunjuk Ibu Rini M. Soemarno sebagai Menteri Badan Usaha Milik Negara untuk Periode 2014-2019.
