San Sebastián Huehuetenango es un pueblo originario de la época precolombina y su verdadero nombre proviene del término Toxoh o Tuj oj, que del idioma mam significa «Entre aguacates». En sus primeros años, el pueblo de San Sebastián Huehuetenango formó parte del departametno de Huehuetenango desde un principio. La población del municipio era superior a la de la cabecera departamental Huehuetenango
; tenía 1,384 habitantes, a solamente 916 personas más que Huehuetenango.4
El 29 de diciembre de 1891 fue autorizada la petición de la municipalidad trasladar la cabecera municipal a otro lugar, y es ahí en donde se encuentra actualmente. En ese entonces, era conocido como "Valle de Esquizal", debido a las frecuentes inundaciones que sufría como consecuencia de las grandes cantidades de agua que produce el río Grande. El lugar en donde estaba establecida la cabecera municipal, es en donde se encuentra actualmente la aldea de Pueblo Viejo, en donde se encontraron ruinas que evidencian una numerosa población. Según esa información, se confirma que la cabecera municipal no ha estado siempre en su ubicación actual, ya que anteriormente se encontraba en lo que hoy es la aldea Pueblo Viejo; y derivado de la inundación que sufrió por la crecida del río Seleguá, fue trasladada al valle de Esquizal o Tascaj. El 12 de mayo de 1892 se dispuso que los municipios de Santa Bárbara, San Rafael Pétzal y San Sebastián Huehuetenango fueran anexados al municipio de Malacatán, que actualmente es el municipio de Malacatancito, pero nunca sucedó, y aún no se sabe la fecha en la que ese acuerdo no pudo ser efectuado. En 1934 estaba restablecido como municipio, pues en ese año se aprobó su Plan de Arbitrios. Finalmente, el 21 de agosto de 1940, se aprobaron las operaciones de deslinde con Todos Santos Cuchumatán.
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