Les gendarmes de l'ensemble du département constituent ce qu'on appelle le groupement de gendarmerie départementale du Jura. Ces 502 militaires (officiers, sous-officiers, gendarmes adjoints et quelques personnels civils de soutien) sont répartis en :
- un escadron départemental de sécurité routière (EDSR),
- trois compagnies (Lons-le-Saunier, Saint-Claude et Dole),
- un peloton de gendarmerie de
montagne (PGM à Hauts de Bienne),
- un état-major avec moyens spéciaux dont un centre d'opérations et de renseignement (CORG) à Lons-le-Saunier. A ces militaires d'active s'ajoutent quelques 200 gendarmes de réserve qui peuvent exercer jusqu'à 150 jours d'activité par an. Chaque compagnie comprend les brigades de son secteur (28 au total, organisées en 13 communautés de brigades : consulter la carte), dispose d'un ou deux pelotons de surveillance et d'intervention (PSIG) et d'une brigade de recherches (BR) pour les plus grosses affaires judiciaires. A leurs côtés œuvrent quatre unités de sécurité routière (2 pelotons motorisés et 2 brigades motorisées) sur tout le réseau autoroutier et secondaire. Dans le Jura, le groupement de gendarmerie départementale est en charge de la sécurité de 82% des habitants sur quelque 96% du territoire, dans 489 communes (seules les communes de Lons-le-Saunier, Perrigny, Montmorot, Dole et Choisey sont en zone de compétence de la police nationale). A noter qu'à Dole, 105 autres gendarmes constituent l'escadron de gendarmerie mobile (EGM 46/7) qui a essentiellement une vocation nationale de maintien de l'ordre et d'intervention.