Le Commandant de la Marine à Bordeaux représente le vice-amiral d’escadre commandant la zone Atlantique au sein des 12 départements de la région Nouvelle-Aquitaine. Le Commandant de la Marine (COMAR) à Bordeaux représente, en Nouvelle-Aquitaine, l'amiral commandant la zone maritime Atlantique. Son principal objectif est de faire connaître et reconnaître la Marine nationale auprès d’un public large
et des autorités locales civiles et militaires, de représenter la Marine nationale au sein de toutes les instances civilo-militaires et maritimes pour faire valoir notre double identité de marin et militaire, et de rayonner le plus largement possible au sein de ce vaste périmètre pour appuyer le recrutement et la reconversion. Pour assurer la pluralité des missions et les élongations géographiques nécessaires à leur accomplissement, il s’appuie sur l’équipage de l’Unité Marine à Bordeaux composé de 8 marins militaires et civils, et d’un réseau dynamique de 70 réservistes opérationnels et citoyens. Il participe au rayonnement de la Marine nationale par l’animation d’un réseau de proximité, la valorisation des activités locales, l'organisation d'évènements spécifiques de relations publiques et la mise en valeur des Préparations Militaires Marine (PMM) dont il assure l’encadrement, l’organisation et le suivi. Il organise les escales des bâtiments militaires français et étrangers à Bordeaux, Pauillac, Le Verdon et Blaye et coordonne toutes les escales de sa zone maritime. Enfin, COMAR Bordeaux coordonne les animateurs des Journées Défense Citoyenneté, et encourage tous les types de partenariats, à l'instar des parrainages d'unités de la Marine avec des classes de défense. Il dispose de deux piliers pour le rayonnement de la Marine :
- 8 centres de PMM permettant chaque année à 250 jeunes aquitains de découvrir la Marine,
- Les Assistants Départementaux pour la Marine (ADPM) au sein de 12 départements de Nouvelle-Aquitaine.