Nace como un proyecto político en 1996, a raíz de los estudios realizados en el foro del Centro de Estudios Costa Rica Siglo XXI, agrupación conformada por profesionales jóvenes, intelectuales y estudiantes universitarios, que durante más de 10 años (desde 1985) realizaron reuniones, conversatorios, mesas redondas y publicaciones sobre temas clave para el desarrollo de Costa Rica.
El Centro de Estudios Costa Rica Siglo XXI, en busca de soluciones, funda el Partido Integración Nacional (PIN). Partido de raíces propias que se propone permanecer libre de donaciones, de ligámenes económicos de otros partidos y de empresas privadas.
Con tan solo dos años de fundado, el PIN logra el cuarto lugar en las Elecciones de 1998 y la representación en la Asamblea Legislativa de Costa Rica, con su candidato a presidente, el Dr. Walter Muñoz Céspedes, así como la presidencia del Concejo Municipal de San José, además de tres regidores. Durante ese período el diputado Muñoz se destacó por su oposición al proyecto conocido como el Combo ICE.
En las elecciones municipales del 2002 logra nombrar un regidor: Johnny Ortiz Fallas en el cantón de Desamparados en la provincia de San José; cuatro concejales en el cantón de Valverde Vega, provincia de Alajuela (donde acogió como candidato al señor Ramón Rodríguez) y dos concejales y un síndico (Édgar Hernández Chávez) en el cantón de San Rafael, provincia de Heredia (donde fue candidato Manuel Enrique Arce Ruiz).
En las elecciones municipales del 2006 el PIN logra nombrar a dos síndicos (Mayra Castro Gamboa y Alfredo Agustín Porras Hidalgo) y 18 concejales.
En las elecciones municipales del 2010 el PIN nombra un concejal en el Distrito Catedral; y obtiene un segundo lugar en la intención de voto, al aliarse con otros dos partidos: Alianza Patriótica y el PAC. También logra, elegir dos de los seis síndicos, en los distritos Porvenir y Bejuco, además de un total de nueve concejales con sus suplentes.
Para las elecciones municipales costarricenses de 2016 el partido obtuvo varios regidores y concejales de distrito, obtuvo además en el cantón de Santa Cruz los síndicos del distrito de Santa Cruz en la persona de Arcadio Eliseo Carrera Gutiérrez y Xinia María Aguilar González su suplente y el distrito Veintisiete de Abril Sergio Juárez Gutiérrez con Alisandra Gutiérrez Gómez como su suplente, y el intendente de Paquera, Sidney Sánchez Ordóñez.
Para las elecciones nacionales 2018, como candidato presidencial se presenta Juan Diego Castro Fernández, quien queda en quinto lugar con un 10% de los votos. Asimismo, logra cuatro escaños en la Asamblea Legislativa: Walter Muñoz Céspedes y Zoila Volio Pacheco por San José, Erick Rodríguez Steller por Alajuela y Patricia Villegas Álvarez por Cartago.