Com a promulgação da Constituição de 1988, que permitiu a organização dos servidores públicos civis em sindicatos, várias plenárias foram realizadas em todo o país para discutir a forma de organização sindical dos servidores públicos federais, estaduais e municipais. Em Rondônia iniciou-se a discussão para a criação de um sindicato para os servidores públicos federais, com intuito de atender todos os órgãos da administração direta e indireta, surgindo o embrião do que seria o Sindsef. No município de Jaru, João da Cruz, servidor da CEPLAC, iniciou visitas aos municípios de Presidente Médici, Ji-Paraná, Ouro Preto, Ariquemes e Porto Velho, buscando sensibilizar os servidores da importância da organização das categorias, convidando-os para reunir-se em Jaru no Colégio Capitão Silva de Farias, para promover discussões de como organizar a criação do tão sonhado Sindicato dos Servidores Federais, tendo como bandeira de luta a defesa do servidor e do serviço público federal. No dia 3 de novembro de 1989 finalmente consolidou-se a fundação do SINDSEF, que foi criado em Jaru, quando foi eleita,, sua primeira diretoria executiva, que trazia como presidente João da Cruz. A Diretoria eleita inicia as visita aos Municípios para fazer filiações dos servidores e convidá-los para ajuizar ações dos planos econômicos. Com três anos de existência o Sindsef já se sentia fortalecido para realizar o seu primeiro congresso, que aconteceu na cidade de Jaru, em 1991, quando foi eleita a segunda diretoria, tendo como presidente o filiado Gilmar Gonçalves, foi reeleito presidente, para o biênio 93/95, na primeira eleição direta da entidade. Para o biênio 95/97 foi eleita a professora Maria Aparecida da Silva Rodrigues que foi sucedida pelo prof. Mario Jorge Souza de Oliveira com chapa única para o biênio 97/99, que promoveu mudanças Estatutárias, criando o Regime Colegiado. No triênio 99/01 foi eleito pela segunda vez o filiado João da Cruz, que não conseguiu concluir o mandato, sendo sucedido por uma junta governativa. Após o encerramento dos trabalhos da Junta Governativa, tomou posse como presidente o filiado Luiz Catanhede que ao término do seu mandato convocou eleições e novamente foi eleita Presidente a Professora Maria Aparecida da Silva Rodrigues, que por motivo de saúde não levou o seu mandato até o final, sendo então substituída pela vice, a professora Maria José (Mazé), que pediu afastamento do mandato, sendo substituída por Wilton Marques, que na eleição realizada em 2003 foi reeleito para o biênio 04/05. Em 2005 foi eleito presidente o professor Herclus Antônio Coelho de Lima, para o biênio 06/07, sendo reeleito para o triênio 08/11. Para o triênio 2011/ 2014, numa eleição com chapa única, foi eleito presidente o professor Daniel Pereira e reeleito para o triênio 2014/2017. Na gestão 2017/2020 foi eleito Abson Praxedes e em 2020 foi eleito o professor Ildo Mussoi (Ji-Paraná), que acabou se afastando por motivos de saúde e assumiu o professor Mário Jorge no final de 2020. O SINDSEF é o terceiro maior sindicato de servidores públicos federais do Brasil, o maior da Região Norte. É o que mais ganhou ações judiciais de planos econômicos no Brasil, além de suas lutas e vitórias conquistadas aos seus filiados, colocando-o dentre os mais organizados e mais fortes entidades sindicais do país. O Sindicato dos Servidores Públicos Federais no Estado de Rondônia tem 33 anos de lutas na defesa dos direitos dos servidores públicos federais e na melhora da qualidade do serviço público para toda a sociedade.
