Assim que a cidade foi instalada oficialmente, a própria comunidade se organizou para eleger seus representantes no Poder Legislativo. São 47 anos de trabalhos prestados em prol do desenvolvimento de um povo, que tanto lutou para se emancipar e ser independente, em todos os sentidos. Não passava de um pequeno povoado, sem qualquer representatividade, que dependia do município vizinho para sobreviv
er. Mas o destino desses agricultores e pescadores, em sua maioria, estava prestes a mudar. Líderes de famílias tradicionais resolveram criar uma comissão com o objetivo de promover a emancipação política de Navegantes. Este primeiro ato de cunho político deu origem à resolução de número 2 da Câmara Municipal de Itajaí, que criou o município de Navegantes, em 14 de maio 1962. Quinze dias depois, a lei estadual de criação da cidade foi promulgada na Assembléia Legislativa. A instalação oficial ocorreu em 26 de agosto daquele mesmo ano. Daí pra frente, a concepção do Legislativo navegantino seria uma conseqüência natural. O cargo de primeiro prefeito daquele recém criado município ficou com Athanásio Joaquim Rodrigues, que comandou Navegantes provisoriamente até a realização da primeira eleição – ainda em 1962. A partir de 31 de janeiro de 1963, Cirino Adolfo Cabral assumiu o lugar de chefe do Poder Executivo. Para auxiliá-lo na árdua tarefa de administrar a máquina pública, surgiram então os vereadores. A primeira composição da Câmara Municipal de Navegantes era formada por: Arnoldo Bento Rodrigues (UDN), Gildo Batista (PTB), Manoel Antônio Coelho (PSD), Manoel Dorval Costa (UDN), Nereu Liberato Nunes (PSD), Onofre Rodrigues Júnior (PTB) e Osório Gonçalves Viana (UDN). Sete representantes da comunidade, que deram início ao exercício da cidadania e da democracia. De acordo com a ata da primeira sessão, realizada no salão nobre da Prefeitura Municipal, Osório Gonçalves Viana foi empossado como presidente por ser o vereador mais idoso, acompanhado por Arnoldo Bento Rodrigues e Gildo Batista como primeiro e segundo secretários, respectivamente. O mandato para a legislatura seria válido até o mês de janeiro de 1967. Durante votação secreta, foram eleitos os membros da mesa diretora da Casa. Para presidente, Osório Gonçalves Viana recebeu cinco votos, contra dois a favor de Manoel Antônio Coelho. Na disputa para a vice-presidência, venceu Onofre Rodrigues Junior depois de obter cinco votos. Como primeiro secretário, a maioria ficou ao lado de Arnoldo Bento Rodrigues e Gildo Batista, com quatro votos válidos e dois em branco. Ex-presidentes da Câmara Municipal de Navegantes
1963 – Osório Gonçalves Viana (UDN)
1964 – Manoel Antônio Coelho (PSD)
1965 a 1967 - Osório Gonçalves Viana (UDN)
1967 a 1968 – Anildo de Souza (ARENA)
1969 a 1970 – Aldo Chiminelli (ARENA)
1970 a 1972 – Moacir Cidral (ARENA)
1973 a 1974 – Manoel José Inácio (ARENA)
1975 a 1976 – Domingos Angelino Regis (ARENA)
1977 a 1978 – Gilço Antônio Baptista (ARENA)
1979 a 1980 – Manoel Stalin Fernandes (ARENA)
1981 a 1982 – Olímpio Romão Mianes (ARENA)
1983 a 1984 – Jurandir Wademiro da Luz (PDS)
1985 a 1986 – Manoel Maurício Rocha (PDS)
1987 a 1988 – José Olímpio Mianes (PDS)
1989 a 1990 – Loureci Soares da Silva (PMDB)
1991 a 1992 – Paulo Ney Laurentino (PFL)
1993 – Ezequiel Antero Rocha Junior (PMDB)
1994 – Darci Bertan (PFL)
1995 – Elson Renato dos Santos (PMDB)
1996 – Jurandir Wademiro da Luz (PFL)
1997 – José Olavo Coelho (PDS)
1998 - Darci Bertan (PFL)
1999 – Altair Gênero (PDS)
2000 – Moacir Alfredo Bento (PMDB)
2001 a 2002 – Celso Antônio dos Passos (PMDB)
2003 a 2004 – Ezequiel Antero Rocha Junior (PMDB)
2005 – Ademar Francisco Borba (PMDB)
2006 a 2009 – Alcídio Reis Pera (PMDB)
2010 – João Batista da Silva (PSDB)
2011 – Alcídio Reis Pera (PMDB/PSL)
2012 – Alcídio Reis Pera (PSL)
2012 – Joel Couto (PMDB)
2013 – Juliano Nildo de Maria (PSDB)
2014 – Donizete José da Silva (PSL)