В края на XIX век се създава флот и на Черно море. На 12 ноември 1897г. Флотилията и Морската част се разделят на Дунавска флотилия с щаб в Русе и Морска част (Черноморски флот) с щаб във Варна. От създаването си българският военен флот участва в двете световни и още три регионални войни. Най-голяма морска победа е торпилирането на турския крайцер “Хамидие” от торпедоносеца “Дръзки” през Балканската война (21 ноември 1912г.).
На 1 януари 1915г. в Егейско море се сформира българският Беломорски флот. На 25 май 1916г. в състава на флота е зачислена първата подводница № 18, закупена от Германия, и България се нарежда сред шестнадесетте страни от света, които имат подводни сили.
Рожден ден на морската авиация е 1 май 1917г., когато е създадена Българската водохвърчилна станция от 4 германски водосамолета.
През Първата световна война военният флот прочиства минни заграждения, извършва разузнаване и подпомага приморската армия. През Втората световна война флотът охранява крайбрежието, конвоира транспорти между Босфора, българските пристанища и Кюстенджа, осъществява минни постановки. В последния период и след края на войната (1944 – 1948г.) военният флот участва в борбата с минната опасност в Черно море и на река Дунав. На реката миночистачите прочистват 34670 километра и взривяват над 30 мини, а в морето са обезвредени повече от 1300 морски заградни мини.
След войната Военноморските сили достигат своя количествен апогей благодарение на получаваните предимно от бившия Съветски съюз (по-рядко от Полша и екс-ГДР) кораби и техника. За половин век във флота служат 2 ескадрени миноносеца, 2 проекта стражеви кораби, 3 проекта подводници, 8 проекта преследвачи на подводници, 2 проекта противоподводни вертолети, различни противоминни кораби и брегови ракетно-артилерийски комплекси. Развиват се ударните сили – торпедни и ракетни катери и корвети (общо 5 проекта), както и десантните сили.
След началото на демократичните промени (1989г.) ВМС структурно се променят в съответствие със съвременните стандарти и необходимостта от интегриране с европейските и евроатлантическите структури за сигурност. Изведени са от употреба остарелите кораби, извършени са съкращения на личен състав, оптимизира се бойната подготовка, разширяват се връзките с обществеността и медиите, развиват се международните контакти. Разработена е национална военна корабостроителна програма. Като кадрови военнослужещи на всички длъжности, с изключение на подводниците, се назначават и жени. Службата на кадровите военнослужещи се осъществява на договорна основа, като от 2007 г. ВМС са напълно професионализирани.
През 2005 г. е приета на въоръжение първата, а през 2009 г. още две фрегати проект “Е – 71”. Най-новият кораб в състава на Военноморските сили е минния ловец „Цибър”, закупен от Кралство Белгия през 2009г.
През месец септември 2006 година фрегата „Дръзки“ участва в операцията на НАТО в Средиземно море ACTIVE ENDEAVOUR, след което се включва в операцията на Временните сили на Обединените нации в Ливан UNIFIL. Това е първата мисия в най- новата история за Военноморските сили на Република България. През месец май 2011 г. фрегата „Дръзки” участва в операцията на НАТО „Обединен защитник” край бреговете на Либия.
Кораби от Военноморските сили участват активно в учения от типа “Бриз” и COOPERATIVE PARTNER, в мисиите ACTIVE ENDEAVOUR, в оперативна група за военноморско сътрудничество Черно море BLACKSEAFOR, в учения с ВМС на страните партньори. В последните години приоритет е взаимодействието с държавни и неправителствени организации при бедствия и аварийни ситуации, извършване, проучване и разкриване на подводни обекти, борбата с контрабандата и съдействие на граничните органи.
Празник на ВМС е вторият неделен ден на месец август, който се явява последен ден от традиционната Национална седмица на морето.
