Struktura organizative, është e përbërë nga 4 Drejtori të përgjithshme të cilat merren me :Koordinimin strategjik dhe konvergjimin rajonal të ekonomisë, planifikimin dhe monitorimin e investimeve publike, nismat ndërkombëtare dhe integrimin tregtar si dhe marrëveshjet bilaterale dhe bashkëpunimin ekonomik rajonal e më gjerë. Lëvizjen e lirë të mallrave dhe shërbimeve, mbrojtjen e konsumatorit, nxi
tjes së biznesit dhe rritjen e konkurrueshmërisë së Ndërmarrjeve të Vogla dhe të Mesme Shqiptare, nxitjen e investimeve të huaja, politikat për kontrollin e ndihmës shtetërore si dhe zhvillimin e partneritetit publik – privat duke u bazuar në një infrastrukturë efektive dhe cilësore. Objekt i veprimtarisë së kësaj drejtorie është dhe kontrolli i zbatimit të ligjit nga institucionet e varësisë që ushtrojnë veprimtarinë kontrolluese në fushën e cilësisë së produkteve, markave, patentave etj. Menaxhimi efecient dhe në interes të shtetit të pronës publike shtetërorë nëpërmjet ushtrimit korrekt të të drejtave që ka sipas Ligjit MZHETS si përfaqësues i pronarit shtet. Kjo drejtori ka në varësi 2 drejtori, ajo për administrimin e pronës publike dhe tjetra privatizimin e kësaj prone. Nëpërmjet këtyre 2 strukturave arrihet që shteti të ketë të evidentuara dhe të regjistruara të gjitha pronat e saj, të miradministrojë ato sidomos, për ato prona që janë pjesë të aseteve të shoqërive publike apo ndërmarrjeve të përbashkëta shtet – privat, të bëj dhe të zbatoj politika të favorshme për zhvillimin e tyre dhe nxjerrjen e vlerës materiale dhe monetare maksimale në favor të shtetit në përputhje të partneritetit publik – privat. Gjithashtu menaxhimi i burimeve njerëzore, administrimi i arkivit dhe dokumentacionit, shërbimet mbështetëse të përgjithshme si dhe mbajtja e statistikave dhe gatishmërisë teknike të komunikimit elektronik.
