Okul, 1976 -1977 eğitim-öğretim yılı 1. yarıyıl tatilinden sonra Mustafa Eravutmuş İlkokulundan ayrılarak Tevfik Bey Mahallesi İlkokulu adı ile eğitim ve öğretime başlamıştır.1977 Şubat ayında İnönü Mahallesi Şen Sokaktaki Salih Demirbaş´a ait bina kiralanarak 4 derslikle üçlü öğretim yapılmıştır. Mustafa Eravutmuş İlkokulundan ayrılarak müstakil eğitim-öğretim yapmasında en büyük çabayı gösteren
Nafiz Duman okulun ilk müdürü olmuştur.
1978 -1979 eğitim-öğretim yılında Tolga Caddesinde bir bina daha kiralanarak derslik sayısı altıya çıkarılmıştır. 1979 -1980 eğitim-öğretim yılında toplam derslik sayısı dokuza çıkartılarak, ikili öğretime geçilmiştir. 1980 -1981 eğitim-öğretim yılında da başka bir bina daha kiralanarak derslik sayısı 10´a çıkarılmıştır. 1981 yılında okulun şimdiki yerinde 16 derslikli müstakil olarak yapılan binaya 1981 -1982 eğitim-öğretim yılı başında taşınılmıştır. doğum yılı nedeniyle de okulun adı Sefaköy 100. Yıl İlköğretim Okulu olarak değiştirilmiştir. Eğitim sisteminde 12 yıl zorunlu eğitime geçişle beraber 2012-2013 Eğitim ve Öğretim yılında Sefaköy 100. Yıl İlkokulu ve Sefaköy 100. Yıl Ortaokulu olarak aynı binada eğitim verilmeye devam edilmiş, ilkokullar öğlenci ortaokullar ise sabahçı olarak eğitim görmüşlerdir. Dönüşüm işlemleri kapsamında okulun tamamen ilkokula dönüştürülmesi sonucunda okul, 2013-2014 Eğitim ve Öğretim Yılından itibaren Sefaköy 100. Yıl İlkokulu olarak 20 dersliği ve 40 şubesiyle ikili eğitim yapıp hizmet vermeye devam etmiştir. Yapılan analizler sonucu binanın depreme karşı dayanıksız olduğu raporlara yansıyınca İSMEP (İstanbul Sismik Riskin Azaltılması ve Acil Durum Hazırlık Projesi) çerçevesinde İstanbul Proje Koordinasyon Birimi tarafından yıkılıp yeniden yapılmasına karar verilmiştir. Karar çerçevesinde okul binası 5 Ağustos 2017 tarihi itibariyle yıkılmıştır. Yeni binanın temeli 9 Kasım 2017 tarihinde atılmıştır. Okulun öğrencileri bina yapım süreci nedeniyle 2017-2018 Eğitim ve Öğretim yılında hemen yanda bulunan Şehit Münür Alkan Ortaokulunda eğitim görmüşlerdir. Yeni binanın geçici kabul işlemi 11 Temmuz 2018 tarihinde yapılmış, 40 dersliği, açık ve kapalı spor alanları, 300 kişilik konferans salonu, kütüphanesi, fen baboratuvarıyla oldukça modern yapıda olan yeni bina eğitim öğretime hazır hale gelmiştir.2018-2019 Eğitim ve Öğretim yılı başı itibariyle yeni okul binasına taşınma işlemi gerçekleşmiştir. Yeni okul binasının 40 derslikli olması nedeniyle 2018-2019 Eğitim ve öğretim yılının başından itibaren ikili eğitimden normal eğitime geçilmiştir.