A principios del siglo XIX, San Fernando era un pequeño poblado perteneciente al partido de Tejutla. Según una tradición, recibió su nombre en homenaje a Fernando VII “el rey deseado”, de gratísima memoria para los pueblos Hispanoamericanos. Del 12 de junio de 1824 al 13 de mayo de 1833, la aldea de San Fernando formó parte del departamento de San Salvador; del 13 de mayo al 21 de octubre de 1833
quedó incluida en el área jurisdiccional del efímero departamento de Tejutla; nuevamente perteneció al departamento de San Salvador del 21 de octubre de 1833 al 22 de mayo de 1835 y; al departamento de Cuscatlán de ésta última fecha al 14 de febrero de 1855, a partir de entonces ha sido municipio del departamento de Chalatenango. Un hecho que destacó a esta aldea, fue que en ella cayó mu**to el 25 de noviembre de 1846 el ex presidente General Francisco Malespín, después de una discusión y pelea, en la que éste buscaba provocar una revolución contra el gobierno liberal administrado por el licenciado don Eugenio Aguilar. Título de Villa
Debido a tal suceso, se emitió el 27 de febrero de 1847, el Decreto Legislativo a través del cual se otorgó el título de Villa a la aldea de San Fernando, ya que según se señala en este documento, sus vecinos “han merecido la gratitud de la Patria por su valor heroico y fidelidad durante las asonadas de Noviembre último…”. Asimismo, consta en el Decreto una exoneración de dos años del servicio de armas y de cualquier otro en el ramo de guerra, para los habitantes de San Fernando, así como se les brindó la suma de mil pesos para la construcción de la Iglesia local.
