Al estallar la Segunda Guerra Mundial, Arístides se encontraba en Burdeos desarrollando su labor como cónsul. Portugal se declaró país neutral. El propio dictador del país luso, António de Oliveira Salazar hace constar a través de la Circular 14 su negativa a entrar en el conflicto obligando a todos los cónsules portugueses a no conceder visados: a extranjeros de nacionalidad indefinida, contestad
a o en litigio; los apátridas; los judíos expulsados de su país de origen o del país del cual sean ciudadanos. Aristides de Sousa Mendes hizo caso omiso a las órdenes de su Gobierno y expidió visados de entrada para Portugal o Estados Unidos. El 16 de junio de 1940 Aristides decidió entregar un visado a todo aquel que se lo pidiera. Con la ayuda de sus hijos y sobrinos así como con la del rabino de Amberes, Jacob Kruger, se dedicó a expedir pasaportes, firmar visados ininterrumpidamente. Al recibir las quejas desde Lisboa dijo: Si hay que desobedecer, prefiero que sea a una orden de los hombres que a una orden de Dios. A pesar de que Salazar tomó medidas contra el cónsul rebelde, Sousa continuó su actividad en Bayona entre los días 20 y 23 de junio de 1940 en presencia del vice-cónsul y de dos funcionarios de Salazar que nada pudieron hacer para parar la concesión de visados. El 23 de junio Salazar le cesará de su cargo de cónsul pero Aristides, lejos de cejar en su empeño, continuó emitiendo visados a todos los que se encontraba de camino a Hendaya. Durante todo ese proceso recibió la colaboración del diplomático español Eduardo Propper de Callejón, también reconocido tras su muerte como Justo entre las Naciones, que proporcionó los visados para el paso por España. Salazar envió varios funcionarios a recoger a Aristides. Sin embargo, Sousa Mendes logra cruzar la frontera francesa junto con otros refugiados y llegar a España. Debido a los deficientes medios existentes para la comunicación los guardias de la aduana española no habían sido avisados por Madrid para cerrar la frontera y no tuvieron más remedio que dejar pasar a todos los refugiados que acompañaban al antiguo cónsul para continuar en dirección a Portugal.
